Thunderbird unterstützt zwei Methoden mit denen es die E-Mails auf der Festplatte speichert. Die mbox-Methode und die neuere maildir-Methode. MailStore unterstützt nur die Archivierung von E-Mail-Konten die die mbox-Methode nutzen. Die verwendete Methode steht in den Konten-Einstellungen > Konto > Server-Einstellungen > Nachrichtenspeicher > Speichermethode. Die Speichermethode eines Kontos kann nachträglich nicht geändert werden.
Das Format für zukünfig angelegte Konten kann in Thunderbird > Einstellungen > Erweitert > Allgemein > Speichermethode für neue Konten geändert werden.